هدف اصلی جونو کشف سرمنشأ های شکل گیری مشتری است؛ اینکه کی و چگونه شکل گرفته و در طول زمان چه تغییراتی کرده است. جونو در تلاش برای یافتن پاسخ این پرسش ها، جو مشتری را از نزدیک زیر نظر خواهد گرفت. میزان آب و آمونیاک اطراف این سیاره می تواند مشخص کند کدام یک از نظریه های موجود در مورد سرمنشأ شکل گیری آن به واقعیت نزدیک تر است. فضاپیمای جونو میدان های مغناطیسی و گرانشی مشتری را نیز تحت نظر خواهد داشت تا مشخص شود هسته ی جامد دارد یا نه، و اگر دارد اندازه ی آن چقدر است.
فضاپیمای جونو به ۹ ابزار مختلف مجهز است، از جمله یک دوربین رنگی به نام JunoCam که قرار است بهترین تصاویر ممکن را از قطب های این سیاره ثبت کند. فضاپیمای یاد شده به صورت مداوم در حال چرخش است که این امر کنترل آن را آسان تر، و از قرار گرفتن تمام ابزار ها رو به مشتری در هر چرخش اطمینان حاصل می کند. سرعت چرخش آن حدود ۳ دور در دقیقه است؛ به گفته ی متخصصان ناسا این یعنی تمام ابزار های نصب شده روی آن هر دو ساعت ۴۰۰ بار رو به سیاره ی مشتری قرار می گیرند.
فضاپیمای جونو در مداری کاملاً بیضی شکل حول مشتری گردش خواهد کرد. مدار یاد شده آن را به قطب های این سیاره نزدیک تر نگاه می دارد تا از کمربند های تشعشعی فوق العاده قدرتمند این سیاره دور بماند. با این حال برای محافظت بیشتر این فضاپیما در برابر این تشعشعات، محافظ ضد تشعشع مخصوصی نیز برای آن در نظر گرفته شده است.
در حالی که جونو تنها چند هفته با رسیدن به سیاره ی مشتری فاصله دارد، دانشمندان ناسا در حال برنامه ریزی تک تک جزئيات ورود آن به مدار این سیاره هستند. ریکی نیباکن، یکی از مدیران پروژه ی جونو طی بیانیه ای اعلام کرده است: «در طول این پروژه، فرایند بازبینی ما تمام سناریو های محتمل، غیر محتمل و حتی بسیار غیر محتمل را بررسی کرده است. ما حالا به دنبال بررسی رویداد های به شدت غیر محتملی هستیم که قرار گرفتن در مدار مشتری ممکن است ما را با آنها مواجه کند».
دیجیاتو